政府鑒於提昇南部地區的醫療水準，平衡南北醫療差距，於民國70年奉准設置成功大學醫學中心，74年2月開工興建，年底資訊應用軟體系統規劃、分析、設計及程式撰寫由委外廠商開發。為滿足醫院每天24小時全天候線上即時處理運作，縮短病患等候時間，有效的資訊傳送及安全性，主機以Tandem不停頓性(NonStop)、良好擴充性、優越即時性、嚴密安全性及符合醫療管理應用系統建議案被選用。77年初安裝主機並測試軟體及硬體系統，並於77年6月正式啟用。
醫學中心兼具教學、研究、服務、協助地區醫療單位發展之任務，本室也配合主管機關參與NII遠距醫療實驗計畫、南區緊急醫療網計畫，協助南部地區醫療院所資訊業務之推動與諮詢。歷經83年門診診間醫令系統改版使用、88年進行主機處理器更新及主記憶體擴充、89年急診系統改版上線、93年住院系統WEB版上線，並於96年通過ISO 27001資訊安全管理制度認證。
近年來資訊科技推陳出新，網路應用日臻成熟，應用系統開發已從中央控管封閉式架構轉為小型化、適型化的主從式乃至多層式架構。本院資訊系統在解決民國100年資訊問題之際同時順應此一趨勢，並於98-102年期間完成資訊系統再造，全面移轉程式至VB.NET及使用MS SQL Serv資料庫，同時推展電子病歷及簽章應用。
